村社制度出自元代，是元代社会以自然村落为基础结成的基层组织，是从中国古代社会的基层组织逐步演化而成，至今在南方有些地方还可以看到村社的缩影。
先秦时期，原始村落是“里”的初期阶段。
夏商时期，随着国家的出现，原始村落逐渐发展成为邑或邑聚。
西周时期，小邑聚逐渐发展成“里”。因每“里”都设有社，故“里”作为一个地方区划也叫“里社”或“书社”。
春秋战国时期，各国陆续进行变革，郡县制成型，乡、里组织逐步作为国家政权的基层组织。
秦汉时期，乡、里在国家政权中占有越来越重要的地位。乡里组织以五家为伍，十家为什，百家为里，十里一亭，十亭一乡，乡则以人口的增减而变更。
魏晋南北朝时期，乡里制度受到严重冲击。人们为了自保避乱，纷纷脱离原来的里伍编制，以宗族或乡里为基础，组成了大大小小的“坞壁”，原来作为聚落首领的里长的功能逐渐淡化。
北魏统一北方后，实行了“三长制”，村成为独立的整体单位。“村”的社会职能逐渐取代了秦汉以来“里”的职能。自然村设村长、路都、三老等，统称村司，取代了秦汉时期的里吏。
隋朝时期，对乡里体制也进行了改革，在乡村事务中，起主要作用的是里正、党长。乡、党、里构成了隋朝乡村的政治体系。
唐朝时期，地方基层组织机构是乡、里、邻保。通常每里百户，五里一乡。里有里正，负责一里之事，里之下设有邻、保。四家为邻，五家为保，保有保长。
宋朝初期，“五里一乡”制度消亡，基本上是一乡一里、乡里合一，乡的影响日渐淡化。宋初的里正和按乡配置的“乡书手”共同“课督赋税”，乡职逐渐消失。宋朝开宝七年(974年)实行“废乡分为管”制度，即废除乡级设置，将原来的乡分为若干“管”。管与里一样，成为宋代乡村基层组织。但乡作为实施国家赋税稽征的单项行政建制仍然保留了下来。
宋朝王安石改革，推出新政实施“保甲制度”。新政失败后，保甲制度直到南宋灭亡，一直是乡村统治的基层行政制度。南宋时期的乡里管理体制呈乡-都-保的三级组织系统。
金朝统治北方时期，实行坊里制，即农村以乡、村为编制，置里正、主首司其职。五家为邻，五邻为保。元朝建立后，最初承袭金制。至元七年颁布里社法令，始在北方各地农村推行村社制，形成了以里正、主首、社长为首的乡里管理组织。
村社是元代社会的基层以自然村落为基础结成的民间乡村组织，具有农村民众互助和政府基层行政组织的双重性质。规定五十家为一社，推举年高通晓农事有兼丁者立为社长。如一村五十家以上，只为一社，增至百家者，另设社长一员。不及五十家者，与附近村并为一社。村社的职能已有单纯的劝农桑向多元发展，如乡里教化、互助、维护治安、征办科差等。社长和主首都是里正的助手，协助里正处理乡村事务。
明朝建立后，以人户为中心建立了乡、都、图(里)的地方基层组织。始于北宋的都保在明代被都图代替。都保以地域划分为主，属鱼鳞图册系统。都图则以人户划分为主，属黄册里甲系统。图就是里，每图或每里之下又置有十甲，因此这种编制被称为或图甲制。规定以一百一十户为里，推丁粮多者十户为长，余百户为十甲。甲十户，名全图。甲不足十户，名半图。乡都曰里，里各编一册，册首为总图。里长、甲首的职责主要是“催办钱粮，勾摄公务”。
明朝时期，除了在地方基层组织推行里甲制外，作为军事制度的“卫所制度”也在全国各地推行。
明中期以后，卫所制受到破坏，亦兵亦农的乡兵应运而生，成为保护乡里的重要力量。明代的乡里教育十分发达，官府专门设立了许多乡村社学对乡里民众进行教育。
清代沿袭了宋明时期的里社制和保甲制，里社、保甲和宗族组织并存。在清代前期，保甲制不如里社组织重要。摊丁入亩后，保甲制逐渐取代了里社制。甲头、保长由村庄内村民充当，具有半官半民的身份性质。村社制度作为民间的松散型、宗族组织、自组织管理模式，一直沿习至今，在乡村中仍有村、社的名称。