木瓜有舒筋活络、和胃化湿等功效和作用。常用于湿痹拘挛、腰膝关节酸重疼痛、暑湿吐泻、转筋挛痛、脚气水肿的治疗。如果想用木瓜治疗疾病，需要经中医医生四诊合参后，进行对症治疗。
1、舒筋活络：木瓜可以用于风湿痹证、脚气肿痛等。木瓜味酸入肝，可益筋和血，又善舒筋活络，且能去湿除痹，为治湿痹、筋脉拘挛之要药，亦常用于治疗腰膝关节酸重疼痛。治疗风湿痹证多与羌活、独活、附子配伍。若治寒湿脚气，常与苏叶、吴茱英等同用，如鸡鸣散。若治湿热脚气，常与黄柏同用。
2、和胃化湿：木瓜可以用于吐泻转筋的治疗。木瓜舒筋活络，温香入脾、化湿和胃，治湿浊中焦之腹痛吐泻转筋，偏寒者，常配吴荣黄、苗香、紫苏等。偏热者多配蚕沙、苡仁、黄连等药材，制成蚕矢汤。
除以上情况外，木瓜还有消食的作用，可以治疗消化不良的情况。需要注意，内有郁热、小便短赤者忌服木瓜。木瓜酸温，阴虚腰膝酸痛及胃酸过多者忌服。