《意见》凸显5个亮点：在国务院文件中首次以县域创新驱动发展为主题;首次提出建设创新型县(市)、创新型乡镇;强调把培育高新技术企业和创新型企业家作为县域创新驱动发展的重中之重;将县域创新驱动发展与‘大众创业、万众创新’紧密结合起来，以创业带动县域就业，以创新促进县域发展;坚持分类指导、精准施策等。

《意见》部署了8大重点任务：加快产业转型升级，促进县域特色主导产业向绿色化、品牌化、高端化、集群化发展;培育壮大创新型企业，突出企业在创新驱动发展中的主体作用;集聚创新创业人才,激发各类人才的创新创业活力;加强创新创业载体建设,在有条件的县(市)建设创新型县(市)、创新型乡镇;促进县域社会事业发展，推动科技成果更多惠及民生改善;创新驱动精准扶贫精准脱贫;加大科学普及力度;抓好科技创新政策落地等。

《意见》特别提出了4条保障措施：要建立适应县域创新驱动发展的组织领导体制和工作推进体系;部门、地方要加强对县域创新驱动发展的政策扶持和项目支持;要组织开展全国县(市)创新能力监测;要推广县域创新驱动发展的新典型、新模式、新机制等。